Mit Hilfe eines Operationsmikroskops können Eingriffe durchgeführt werden, die das Präparieren besonders feiner Strukturen erfordert. Am häufigsten werden diese Techniken in der Neurochirurgie, Augenheilkunde, Plastischen Chirurgie und der Hals-Nasen-Ohren-Heilkunde angewendet. Doch auch in der Urologie gibt es einige Eingriffe, bei denen die Sichtverbesserung durch ein Operationsmikroskop sinnvoll ist. 

Vasovasostomie - zur Wiedererlangung der natürlichen Fruchtbarkeit bei Kinderwunsch nach Vasektomie...

Varikozelenligatur - zur Behandlung schmerzhafter oder die Fruchtbarkeit beeinträchtigender Krampfadern am Samenstrang. Hierbei werden über einen kleinen Schnitt in der Leiste die betroffenen Venen isoliert, unterbunden und durchtrennt, der Samenleiter bleibt intakt. Durch den mikrochirurgischen Ansatz ist eine optimale Schonung der Durchblutung und der Lymphgefäße möglich. 

Eine Alternative zur mikrochirurgischen Varikozelenligatur ist die laparoskopische Varikozelenligatur mittels Bauchspiegelung. 

Denervierung des Hoden - zur Behandlung andauernder Hodenschmerzen, wenn alle anderen Behandlungsverfahren erfolglos blieben. Hierbei wird ähnlich wie bei der Varikozelenligatur der Samenstrang freigelegt. Der Samenleiter, die Hodenarterie (Arterie = versorgendes Blutgefäß) und eine Vene werden geschont, die übrigen Venen mitsamt der den Schmerzreiz transportierenden Nerven werden durchtrennt. Da hierbei die Lymphgefäße üblicherweise nicht geschont werden, besteht im Vergleich zur Varikozelenligatur ein etwas erhöhtes postoperatives Risiko für die Ausbildung eines Wasserbruchs (Hydrozele), was wiederum eine Folgeoperation nach sich ziehen kann.